２０３５年、近未来の日本。「人口生体」の研究中に起きた大事故“バースト”により、暴走した人口生命体“マター”が黒部峡谷一帯を侵食。人類にとって希望の地と謳われた研究都市は、政府によって立ち入りが禁じられた。
それから２年後ーー。
バーストで家族を失った１５歳の橘アイコは、転校生の神崎雄哉から信じがたい事実を告げられる。
それはアイコも知らなかった、自身の身体に隠された“秘密”だった。それを解く鍵は、バーストの中心地“プライマリーポイント”にあるという。
アイコは、案内人の神崎雄哉と護衛部隊のダイバーたちと共に、封鎖されたエリアの侵入を決意するが……。
人類の未来を背負う少年、少女が出会った時、明らかになる真実とは？
家族との再会を果たすため、そして自分の身体に隠された秘密を解き明かすため、橘アイコは神崎雄哉、そして護衛部隊のダイバーたちと閉鎖されたエリアへと侵入する。だが、暴走した人工生体マターの脅威がアイコたちに迫る。さらにその裏では様々な思惑が交錯し、まったく予想外の事態へと発展していった。アイコたちは生き延びることができるのか！？
