あの大人気ゲームがコミック化！ 天海率いる「黒之巣会」の野望を打ち砕いた、帝国華撃団と大神一郎。だが、帝都への脅威は黒之巣会で終わりではなかった。天海は真の黒幕ではなく、死天王の一人・葵叉丹こそが、本当の敵だった!! 今、帝都の存亡をかけ葵叉丹と帝国華撃団との戦いが始まる
「赤き月の夜」、東京湾には一夜にして「聖魔城」が復活し、降魔の群れが帝都を襲う。破滅の神機「霊子砲」を止めるため、聖魔城に向かう大神達。だが‥降魔の群れに阻まれ近づく事すらできない。そんな窮地を救ったのは、巨大戦艦「ミカサ」と米田だった！ 花組はミカサに搭載された「神武」に乗り込み、聖魔城に突入。叉丹を倒し、あやめを取り戻すために進む！
