南半球が人の立ち入れぬ“禁断大陸”と呼ばれるようになって五百年。人類初の渡航に成功し、調査船団『パンドラ』が帰ってきた。しかし、それは人類にとって“絶望”の始まりだった。圧倒的な力で人類を蹂躙し始める禁断大陸から運ばれてきた『新生物』。パンドラの船長の娘ナユタも襲われるが、それを救ったのはダーウィン機関に所属する謎の少年セン！ センは「新生物は北半球も禁断大陸にしようとしている。それに対抗できるのはダーウィン機関だけだ」と世界の真実をナユタに告げるのだった。人類対新生物、生き残るのは!?
南半球が人の立ち入れぬ“禁断大陸”と呼ばれるようになって五百年。人類初の渡航に成功し、調査船団『パンドラ』が帰ってきた。その姿をひと目見ようと世界中から人が集まる中、パンドラの船長の娘ナユタも禁断大陸から持ち帰る成果物に心躍らせていた。エデン島で、ナユタが偶然出会ったのは謎の少年セン。センはナユタに「お前達は禁断大陸が『禁断』である本当の理由を知らない」と警鐘を鳴らす。センが語る禁断の正体とは!?
