ＴＶシリーズとして始まり、のちにＴＶスペシャル版『ＲＩＧＨＴ ＯＦ ＬＥＦＴ』、劇場版『ＨＥＡＶＥＮ ＡＮＤ ＥＡＲＴＨ』、そして再びＴＶアニメ『蒼穹のファフナー ＥＸＯＤＵＳ』へと新しい扉を開き続けるファフナーシリーズ。本作は、ＴＶアニメのみならず、小説、ドラマＣＤ、舞台劇など、ファフナーのあらゆる形態を融合させたＴＶ第一シリーズの“完全版”！！ アニメ本編の文芸統括、脚本、シリーズ構成、そして小説を手掛けた冲方丁完全監修のもと、ハイレベルで再現されたＳＦ青春群像が今、鮮烈によみがえる！
探査機を救った一騎の行動は、結果的に竜宮島の存在を新国連に知らせることになってしまった。その結果、新国連のヘスター・ギャロップ事務総長は、島の破壊をにおわせ、史彦にファフナーの引き渡しを要求する。その頃、体の弱い翔子はアルヴィス内で意識を失い、病室に搬送されていた。翔子を見舞う真矢、甲洋、そして一騎。緊張が続く日々の中、ひとときの安らぎを感じていたが…。
