TVシリーズとして始まり、のちにTVスペシャル版『RIGHT OF LEFT』、劇場版『HEAVEN AND EARTH』、そして再びTVアニメ『蒼穹のファフナー EXODUS』へと新しい扉を開き続けるファフナーシリーズ。本作は、TVアニメのみならず、小説、ドラマCD、舞台劇など、ファフナーのあらゆる形態を融合させたTV第一シリーズの“完全版”!! アニメ本編の文芸統括、脚本、シリーズ構成、そして小説を手掛けた冲方丁完全監修のもと、ハイレベルで再現されたSF青春群像が今、鮮烈によみがえる!
真壁史彦は新国連から島の所在を隠すため、竜宮島(たつみやじま)の移動を決意する。だが、全島防衛の中核・ブリュンヒルデシステムは未だ覚醒せずにいた。そんな折、竜宮島にソロモンの予言が鳴り響く。それは新たなフェストゥムの襲来を知らせる警報。新国連の探査機、そしてフェストゥム。大いなる2つの脅威が竜宮島に迫り来る!