時は西暦２０３０年。超高度ネットワーク社会で凶悪化するサイバーテロや電脳犯罪に対抗すべく、政府は非公認の超法規特殊部隊・公安９課（通称：攻殻機動隊）を組織した。そんなある日、公安９課に所属するトグサに刑事時代の同僚から一本の電話が入る。これは６年前発生した企業テロ事件「笑い男」事件につながるものだった‥‥。『攻殻機動隊Ｓ．Ａ．Ｃ.』の代名詞ともいえる「笑い男事件」シリーズが、ついに幕を開ける!!
授産施設で偽の記憶を植え付けられたにもかかわらず、アオイという少年が「笑い男事件」の犯人だと断定するトグサ。事件解明の鍵が厚生労働省ハッキングにあると睨み、捜査を開始する。するとトグサはあるはずのファイルがなくなっていることに気づく。それによりトグサは命を狙われることになり、麻薬取り締まりの強制班に狙撃されてしまう。ついに警察組織や政府を巻き込んだ大事件の真相が少しつづ明らかになる！
