時は西暦２０３０年。超高度ネットワーク社会で凶悪化するサイバーテロや電脳犯罪に対抗すべく、政府は非公認の超法規特殊部隊・公安９課（通称：攻殻機動隊）を組織した。そんなある日、公安９課に所属するトグサに刑事時代の同僚から一本の電話が入る。これは６年前発生した企業テロ事件「笑い男」事件につながるものだった‥‥。『攻殻機動隊Ｓ．Ａ．Ｃ.』の代名詞ともいえる「笑い男事件」シリーズが、ついに幕を開ける!!
警視庁の謝罪会見現場に６年ぶりに現れた「笑い男」。いまだ犯人の手がかりが何ひとつ掴めていないにもかかわらず、警視庁は突然「ナナオ＝Ａ」と呼ばれる男が容疑者として捜査線上に浮上してきたと発表する。公安９課は、すべて警察内部の秘密工作だと睨み、ナナオをマークしつつも、独自捜査で真犯人を追いかける。そんな折、長年の沈黙を破って、ついに真の「笑い男」が姿を現す!! いったい「笑い男」の狙いはなんなのか!?
