新生『攻殻』誕生！！
士郎正宗が生み出した攻殻機動隊が、新たに生まれ変わった！！
時は西暦２０３０年。超高度ネットワーク社会で凶悪化していくサイバーテロや電脳犯罪に対抗するため、政府は非公認の超法規特殊部隊・公安９課（通称：攻殻機動隊）を組織した。公安９課を率いるのは、課長の荒巻とリーダーの草薙。曲者ぞろいの課員をまとめ、数々の難事件を解決する！！
河南省公安局から「同省出身の暴力団組織が金融機関襲撃を目論んでいる」という情報を得た公安９課は、事件を未然に防ぐため、組織のアジトに乗り込む。なんなく現場を制圧して犯人を逮捕したかに思えたが、組織の金融機関襲撃はフェイクで、真の狙いは別にあった。なんと公安９課が踊らされている隙に、新浜空港に１人の可憐な殺し屋が到着していたのだった。暴力団組織と殺し屋が狙う標的とは、一体!?
